Σημαντική υποβάθμιση των υπογείων υδάτων, τόσο ποιοτική όσο και ποσοτική, διαπιστώνεται στα νησιά των Κυκλάδων, κυρίως λόγω ανθρωπογενών πιέσεων και δευτερευόντως λόγω φυσικών αιτίων, σύμφωνα με την Ελληνική Αρχή Γεωλογικών και Μεταλλευτικών Ερευνών (ΕΑΓΜΕ).
Στις περισσότερες περιπτώσεις, η κακή ποιοτική κατάσταση οφείλεται κυρίως σε υφαλμύρινση λόγω της υπερεκμετάλλευσης των ήδη περιορισμένων υδατικών πόρων. Υπάρχουν όμως και περιπτώσεις όπου διαπιστώνεται νιτρορύπανση λόγω αγροτικών δραστηριοτήτων, όπως στο σύστημα Λιβαδίου Νάξου και Σύρου. Υψηλές συγκεντρώσεις νιτρικών ιόντων εντοπίζονται επίσης, τοπικά, σε σταθμούς των συστημάτων Κεντρικής Νάξου-Κούρου, Σύρου, Θήρας, Πησσών Κέας κλπ.
Επίσης, εξακολουθεί να υφίσταται σημαντική υποβάθμιση, τόσο της ποιοτικής όσο και ποσοτικής κατάστασης των υπογείων νερών λόγω υφαλμύρινσης από ανθρωπογενή δράση, στα υδροφόρα συστήματα Καταπόλων Αμοργού, Ζεφυρίας Μήλου, Λιβαδίου Νάξου, Σύρου, Κάμπου-Αγ. Γεωργίου Αντιπάρου, Αεροδρομίου-Άνω Μερά Μυκόνου, σε παράκτια τμήματα της Σίφνου, της Κύθνου κ.ά.
Σε Δονούσα, Ηρακλειά, Κουφονησίου, Σικίνου, Σχοινούσας, Φολεγάνδρου ποσοστό 18% των σταθμών παρακολούθησης διαθέτει νερό κακής ποιότητας, που υπερβαίνει δηλαδή τα ανώτερα επιτρεπτά όρια του πόσιμου νερού, οφειλόμενη σε φυσικά αίτια. Φυσική υφαλμύρινση διαπιστώνεται και στο νησί της Ανάφης, σε παράκτια τμήματα της Τήνου και των Καταπόλων Αμοργού.
Διατηρούνται ωστόσο και ορισμένα συστήματα σε καλή καλή κατάσταση, όσον αφορά τα ποιοτικά και ποσοτικά χαρακτηριστικά σε περιοχές της Άνδρου, της Ανατολικής Νάξου και της Πάρου.
Στα νησιά του Βορείου Αιγαίου ελάχιστοι είναι οι σταθμοί παρακολούθησης στους οποίους παρατηρήθηκε υπέρβαση των θεσμοθετημένων ορίων ποσιμότητας ως προς τη συγκέντρωση του νερού σε νιτρικά ιόντα. Καταγράφονται ωστόσο προβλήματα που σχετίζονται με τις αγροτικές δραστηριότητες, με την υπερεκμετάλλευση κατά τους θερινούς μήνες, αλλά και υπερβάσεις ως αποτέλεσμα φυσικής προέλευσης.
